Ngày 19 tháng 9 năm 1896, giám mục Jean Dépierre Để, Đại diện Tông tòa Hạt Đại diện Tông Tòa Tây Đàng Trong cử hành nghi thức phong chức linh mục cho Gioan Baotixita Nguyễn Bá Tòng tại Nhà thờ Đức Bà Sài Gòn. Ngay sau khi được truyền chức, linh mục Tòng được giám mục Dépierre bổ nhiệm làm Thư ký Tòa giám mục. Ba năm sau đó, tân giám mục địa phận Tây Đàng Trong Lucien Mossard Mão vẫn chọn linh mục Tòng đảm nhận vai trò dưới thời giám mục tiền nhiệm.[6]

Trong thời gian này, trên cương vị Quản lý Tòa Giám mục, linh mục Nguyễn Bá Tòng nhiều lần bảo trợ những người bạn linh mục người Việt Nam bị thực dân Pháp bắt đày nơi Côn Đảo. Đó là 3 linh mục Đậu Quang Lĩnh, Nguyễn Thần Đồng, Nguyễn Văn Tường. Cả ba vị linh mục này hưởng ứng phong trào Đông Du của lãnh tụ Phan Bội Châu.[8] Trong thời gian này, ông cũng thường xuyên đi giảng tĩnh tâm cho các nhà dòng nam nữ.[6]

Sau nhiều năm giữ chức Quản lý Tòa Giám mục, do sức khỏe suy yếu nên ngày 2 tháng 4 năm 1917, linh mục Gioan Baotixita Tòng được chuyển về làm Quản xứ Bà Rịa.[6] Tại đây, ông đã có nhiều đóng góp trong các công tác xã hội như hướng dẫn xây cất trường học, nhà hát. Ông cũng dựng vở tuồng mang tên Thương Khó do chính ông sáng tác tại đây, buổi diễn này là lần thứ hai sau lần diễn năm 1913 tại chủng viện.[6][7]

Năm 1922, trong chuyến tháp tùng vua Khải Định sang Pháp và đến Roma, Thượng thư Nguyễn Hữu Bài, cũng đồng thời là một giáo dân, đã dâng thỉnh nguyện thư tới Giáo hoàng Piô XI xin lập hàng giáo phẩm Việt Nam. Tòa Thánh đã cử đặc sứ sang Việt Nam mở nhiều hội nghị ở Phát Diệm, Sài Gòn. Giám mục Marcou Thành từ địa phận Phát Diệm đến Sài Gòn để thăm dò và được giám mục quản lý tại đây giới thiệu linh mục Nguyễn Bá Tòng. Cùng trong năm này, tuồng Thương Khó được phát hành chính thức. Đây là một vở tuồng được đánh giá cao trong nền văn học giai đoạn 1930 – 1945.[7]

Năm 1926, Đại diện Tông Tòa Sài Gòn là Giám mục Isidore Dumortier (tên Việt: Đượm) thuyên chuyển linh mục Tòng về làm linh mục chính xứ Giáo xứ Tân Định,[6] một giáo xứ lớn vào dạng bậc nhất Sài Gòn và kiêm Giám đốc Tân Định ấn quán, một nhà in lớn thành lập từ năm 1864, chuyên in phát hành sách báo Công giáo.[7][9]

Tại giáo xứ Tân Định, linh mục Nguyễn Bá Tòng cũng cho xây dựng kiến tạo nhiều công trình như mở rộng nhà thờ, xây tháp chuông cao 52 mét với đồ án do chính ông thiết kế.[8][10] Linh mục Tòng cũng là một diễn giả nổi tiếng, năm 1928, giám mục Grangeon mời linh mục Nguyễn Bá Tòng đến giảng giải cấm phòng tại Qui Nhơn. Những bài giảng của ông tại đây được dân chúng hoan nghênh và tờ báo Địa phận mang tên Mémorial cho đăng các bài giảng này trong nhiều tháng liên tiếp. Linh mục Tòng cũng đến Hà Nội với mục đích giảng cấm phòng trong hai đợt, đồng thời nhận lời giám mục Marcou Thành đến giảng cấm phòng tại Thanh Hóa.[11]